http://sankei.jp.msn.com/affairs/news/110126/trl11012621280050-n1.htm
「無罪を主張する方針の弁護側は「ここまで秘匿範囲が広いのは異例。具体的な事実がなければ無罪に向けた十分な弁護活動ができない」」
この決定は法廷で公開しないだけです。なので弁護人への開示資料などは請求証拠と同一になりますのでその点では弁護活動への決定の影響はないでしょう。ただ,そもそも調書など自体に関係者の住所などが記載されていない,ないし抄本で請求されている可能性はあります。これは秘匿決定の問題ではありませんね。また,証人尋問をどうするか,秘匿範囲が広い中でどのように尋問するか,の問題は出てくるとは思います。それは秘匿決定による影響になりますね。
http://mainichi.jp/select/jiken/news/20110127k0000e040021000c.html
「無罪主張するうえで具体的な事実を隠して公判を進めるのは非常に難しい。質問や答えの認識に食い違いが生じる恐れがあり、正確な審理、被告の防御のために不適当」
やはりそこですね。尋問は問題になると思います。詰めた尋問が出来ないか,公判で秘匿事項が出てしまうか…。